基本治療で一部ポケットの深さが改善されず、ポケット内で細菌が生息し、ブラッシングで除去できない状態や、歯周病の進行が進んでしまった状態に対して外科的にポケットの深さを減少させる手術があります。

また、特殊な材料を用いて部分的に失われた骨を再生させる手術（再生療法）を行う場合もあります。手術はそれぞれの病態にあった方法が適応されます。

ポケットが改善されれば、メインテナンスに移行します。